Ο διεθνής Κροάτης ποδοσφαιριστής δεν συμμετείχε στον τελικό του FA Cup της ομάδας του με την Κρίσταλ Πάλας και ήταν απών από τη νίκη 2-0 της Premier League απέναντι στη Φούλαμ στα τέλη Μαΐου.
Ο προπονητής της Κροατίας, Ζλάτκο Ντάλιτς, επιβεβαίωσε ότι ο Κόβατσιτς υποβλήθηκε σε χειρουργική επέμβαση λόγω πρόσφατου τραυματισμού στη φτέρνα, γεγονός που θα απαιτήσει τρεις μήνες αποθεραπείας για τον 31χρονο.
Ο Κόβατσιτς ήταν κεντρική φιγούρα στην πρώτη ομάδα του Πεπ Γκουαρδιόλα κατά την περίοδο 2024/25, συμμετέχοντας σε 42 αγώνες σε όλες τις διοργανώσεις και συμβάλλοντας με επτά γκολ.